Сюжет игры Паранойя 2: Спаситель разворачивается в лаборатории КРОТ, находящейся под землей, где более 20 лет тому назад проводились ужасные эксперименты. Сюда попадает игрок в роле майора, он находит связь с воином по кличке «Кантор», он также исследует КРОТа. Они начинают переговариваться, но их прерывают выстрелы, и майор слышит стоны бойца.

Придя к месту, где была потеряна связь, майор находит мертвым этого бойца. Спустя немного времени встречается с "Безызвестными врагами", которые оказываются тружениками лаборатории КРОТ-1, что прошли мутацию. Количество их совсем немалое. Он убивает их и обнаруживает спецназовцев, они завладели местностью. На этом месте действуют остальные эксперты лаборатории. Дальше необходимо побеседовать с каким-нибудь экспертом, чтоб выяснить что происходит. Но подходя ближе удается увидеть мутантов, над которыми экспериментируют работники.

Отыскав научного работника Полину и поговорив с ней выясняет, что 20 лет тому тут экспериментировали над людьми. Но вскоре опыты вышли из под контроля и все испытуемые восстали и перебили персонал. Основание заморозили. Теперь данные изучения над клонами стали спокойнее, потому что начали использовать совсем другую технологию. Полина жаждет исследовать майора, потому что он прогуливался на территории отсутствии охраны и противогаза, а здесь находится страшная инфекция, однако в один момент начинается тревога.

Майор понимает все испытуемые сотворили восстание, принялись за орудие и уже убивают работников. Он их истребляет и уходит на переговоры к спец отряду. Переговорив с экспертами выясняется, что тот кто осуществляет контроль мутантов, а также принуждает их передвигаться находится на нижних этажах. Игрок отправляется туда. Ему приходится уничтожить много страшных и клонирующих созданий.

Майор приходит в огромный зал, там располагается страшное огромное вещество, через которое осуществляет контроль всех врагов. Он его убивает и возвращается назад к спецназовцам. Те рассказывают, что просочились заграничные воины и украли информацию о всех опытах, и сейчас прибывают назад. Спецназовцы настигают их, и начинается стрельба. Они их уничтожают и возвращаются наверх.

Вверху летает российский вертолет. Майору необходимо поймать гранатомет и сшибить его. Обстановка осложняется тем, будто на местности, над которой пролетает вертолет, пребывают вражеские силы. Найдя гранатомет, майор должен сбить вертолет. На данном этапе кончается игра. После всего крутится маленький ролик: КРОТ-1 и Полина, запертая и атакуемая чудовищами.